Krizové roky zažilo Letiště Praha samozřejmě v době okupace po roce 1939, kdy se stalo strategickým cílem německé armády, ale i po převzetí moci komunisty až po tragický rok 1968. Během této doby ukázali mnozí zaměstnanci odvahu, docházelo ovšem také k únosům letadel, kdy se někteří chtěli dostali na Západ. Nejzásadnější krizovou situaci v novodobé historii pak zažilo ruzyňské letiště v roce 2020, během covidové pandemie.